地球環境が悪化し、人類が「ドームポリス」と呼ばれる天蓋都市での生活を余儀なくされた近未来。
シベリアのドームポリス「ウルグスク」に住む少年ゲイナーはドームポリスからの脱出行「エクソダス」に反対していた両親を暗殺されて引き籠もりとなり、自宅でテレビゲームに埋没する孤独な毎日を送っていた。
念願であった「ゲームチャンプ」の称号を獲得したゲイナーだったが、ミィヤの祭りの日を前にして、授業中唐突に現れたシベリア鉄道警備隊のアデットに逮捕されてしまう。
罪状は自らの忌み嫌う「エクソダス」への共謀罪だった。
無実の身で囚われとなったゲイナーはボロ雑巾のように叩きのめされ地下牢に叩き込まれたゲインという青年と知り合う。
ゲインの申し出を受け、脱獄したゲイナーはウルグスクの支配者であるメダイユ公爵の愛娘・アナ姫と出会う。
彼女を人質にして逃げる算段をつけたゲインに公爵秘蔵のOVERMANを起動させるよう命じられたゲイナーは白いスーツのOVERMANに「キングゲイナー」と命名。
ゲインの目論見をよそにキングゲイナーに乗り込んだゲイナーは追っ手として現れたアデットと戦う羽目に陥る。
その混乱に乗じて「ウルグスク」は祖先の地・ヤーパンを目指して「エクソダス」を開始した。
自らの意思とは裏腹に「エクソダス」に協力することになったゲイナーはそれを阻止せんとするシベリア鉄道警備隊との戦いや「強烈な個性を持った様々な人々」との出会いを通して人間的に成長を遂げていくことになる。